Varios artefactos podrían aparecer en TERS, la siguiente sección describe las diferentes fuentes de espectros TER parásitos 33. La contaminación por carbono puede producirse por el calentamiento de la muestra, la adsorción del aire ambiente en la propia punta o la contaminación directa de la muestra 34-35. Durante largos tiempos de adquisición y cuando ocurre esta contaminación, la señal Raman recogida suele promediar dos bandas anchas (banda D y G) centradas en torno a 1350 cm-1 y 1580 cm-1, respectivamente, que pueden reconocerse fácilmente. No obstante, estas señales de fondo amplias no necesariamente oscurecen el espectro TERS del material de interés, ya que a menudo pueden identificarse fácilmente como bandas Raman nítidas superpuestas a las señales de fondo amplias. Sin embargo, si esta contaminación provoca picos fuertes y agudos que se asemejan a los picos de la huella espectral del analito, es mucho más difícil reconocer estos picos a partir de las señales de contaminación. Las posibilidades para examinar si el espectro observado pertenece o no a una sustancia parasitaria son, por ejemplo, comparar a fondo el patrón espectral con los datos convencionales de espectroscopía Raman o SERS, o realizar una medición dependiente del tiempo, ya que las señales de contaminación suelen fluctuar.
Además, los espectros TER suelen mostrar un fondo de banda ancha que no está relacionado con la contaminación por carbono y cuyo origen aún no se comprende completamente. La explicación más común es que una fotoluminiscencia dependiente del plasmón de la superficie rugosa del metal (o de la propia brecha punta-muestra) explica el fondo 36. También puede producirse una contribución de fluorescencia de campo lejano por parte de la propia muestra, que puede ser tan fuerte que sature el detector del espectrómetro Raman.
La mejora de gran tamaño es un requisito previo para mediciones con pocas o únicas moléculas, pero a menudo las moléculas adsorbidas no resisten tales intensidades de campo extremas. Las intensidades locales extremas al realzarse pueden volverse contraproducentes; para superar este problema, se recomienda utilizar una potencia incidente relativamente débil de unos pocos μW cm-2 (o un enfoque suficientemente grande o un tiempo de adquisición corto) para evitar el fotoblanqueo, procesos fotoquímicos, el calentamiento de la muestra o la desorción de moléculas. Bajo iluminación continua, tal efecto puede conducir a la descomposición de las moléculas sondeadas. Durante este proceso, se rompen enlaces moleculares y se forman nuevos, lo que explica el ''parpadeo' de las líneas Raman. Estas fluctuaciones en los espectros Raman, en número, intensidad y posición de número de onda de las bandas, pueden interpretarse en términos de reacciones químicas continuas que conducen a la modificación de la estructura esquelética de carbono y a la naturaleza de los enlaces químicos 35.